En 1938, dos años después de encontrar el Arca de la Alianza, Indiana Jones es convencido por un millonario para que lo ayude a encontrar el Santo Grial antes de que caiga en manos del ejército nazi. Sin embargo, el verdadero motivo para involucrarse es encontrar a su padre, el doctor Henry Jones, con quien ha mantenido una fría relación desde su juventud y que ha desaparecido mientras seguía la pista del tesoro bíblico.